根本区别就在于转基因大豆里面含有非大豆自身物种携带的DNA.这种基因改变目前体现出来的优势是：转基因大豆产量高50%~100%,抗病虫害（虫子吃了会因蛋白质不消化及可能引起的异常凝结而死亡）,蛋白质和脂肪含量总和远远高于非转基因大豆.劣势是：转基因大豆对土壤的耗用远远大于非转基因大豆,需要轮休耕种.
需要注意的是：1、转基因和非转基因大豆都一样可以引发部分人群的过敏反应.2、转基因大豆基本上都用于油脂化工,在脂肪提取过程中,含有转基因DNA的蛋白质部分被分离,不存在进入食用油的可能,转基因豆和非转基因豆制造的豆油是完全一样的.3、关于跨物种的DNA融合能否在两级食物链之间传导,世界上一直在研究,但目前还没有确实可信的实验发现.这也就是美国人一样也大量食用转基因大豆油和转基因玉米淀粉及酒精,把转基因豆粕和玉米粕作饲料的原因.
关于哪个好的问题,呃,作为经济作物及油脂化工需求来说,转基因大豆好.作为人直接食用和做豆腐腐竹豆瓣酱之类的,还是用非转基因大豆好!